רבן גמליאל מבסס את מעמדה של הנשיאות

ההכרעות שהתקבלו ביבנה בימיו של רבן גמליאל לא התקבלו על דעת כל החכמים . יש הרואים במחלוקות בינו ובין החכמים ביטוי לעימות בין הנהגה שבראשה חכמים לבין הנהגה שבראשה נשיא המוכר מטעם השלטון הרומי , ויש המפרשים אותן כמחלוקות המשקפות עמדות הלכתיות מנוגדות . דוגמה לכך היא המחלוקות בין רבן גמליאל לרבי יהושע בן חנניה . בין רבן גמליאל לרבי יהושע הייתה מחלוקת על מועד הקידוש של חודש תשרי – רבן גמליאל העניש את רבי יהושע , על שחלק על דעתו , וציווה עליו לחלל את יום הכיפורים שחל על פי חישובו . מחלוקת אחרת בין השניים נסבה סביב השאלה אם תפילת ערבית היא רשות או חובה . גם הפעם העניש רבן גמליאל את רבי יהושע וציווה עליו לעמוד על רגליו בשעה שהוא דורש . חכמי יבנה התקשו לקבל את יחסו של רבן גמליאל והחליטו להדיח אותו מן הנשיאות ולמנות תחתיו את רבי אלעזר בן עזריה . אף על פי שהודח , המשיך רבן גמליאל להגיע לבית המדרש וללמוד בו . כעבור זמן הוא אף חזר לנשיאות , ורבי אלעזר בן עזריה כיהן לצדו . לפי התלמוד הבבלי רבן גמליאל טען שיחסו לרבי יהושע לא נבע מדאגה לכבודו האישי : " ריבונו של עולם , גלוי וידוע לפניך שלא לכבודי עשית...  إلى الكتاب